বাংলাদেশে আইনের শাসন বাস্তবায়নে কিছু প্রধান অন্তরায় রয়েছে, যা দেশের বিচার ব্যবস্থা ও প্রশাসনের গুণগত মানকে প্রভাবিত করে। এই অন্তরায়গুলো নিম্নরূপ:

1. রাজনৈতিক হস্তক্ষেপ: বিচার ব্যবস্থা ও আইন-শৃঙ্খলা রক্ষাকারী বাহিনীর ওপর রাজনৈতিক চাপ বাংলাদেশের আইনের শাসনের একটি বড় বাধা। বিচার বিভাগের স্বাধীনতা নিশ্চিত না হওয়ায় ন্যায়বিচার প্রাপ্তিতে সাধারণ মানুষের আস্থা কমে যাচ্ছে এবং আইনের শাসন ব্যাহত হচ্ছে।
2. দুর্নীতি: বিচার বিভাগ, পুলিশ, এবং প্রশাসনে দুর্নীতি ব্যাপকভাবে বিরাজমান, যা ন্যায়বিচারের পথে অন্তরায় সৃষ্টি করে। অনেক ক্ষেত্রেই অভিযোগকারীদেরকে ন্যায়বিচার পেতে ঘুষ দিতে হয় অথবা ক্ষমতাশালী ব্যক্তিরা নিজেদের স্বার্থে আইনকে প্রভাবিত করতে সক্ষম হয়। এই দুর্নীতি আইনের শাসনের প্রয়োগকে দুর্বল করে।
3. বিচারপ্রক্রিয়ার দীর্ঘসূত্রিতা: মামলার সংখ্যা প্রচুর এবং বিচারপ্রক্রিয়া ধীরগতির হওয়ায় বিচারপ্রার্থী জনগণ দীর্ঘদিন ন্যায়বিচার থেকে বঞ্চিত থাকে। বিচারপ্রক্রিয়ার এই দীর্ঘসূত্রিতা মানুষকে বিচার ব্যবস্থার প্রতি অনাস্থাশীল করে তোলে এবং এটি অপরাধীদের অপরাধমূলক কাজে উৎসাহিত করতে পারে।
4. প্রশাসনিক অদক্ষতা ও ত্রুটি: প্রশাসনিক ক্ষেত্রে তদারকি এবং দক্ষতার অভাবও আইনের শাসন প্রতিষ্ঠায় অন্তরায় হিসেবে কাজ করছে। আইন-শৃঙ্খলা রক্ষাকারী বাহিনীর পর্যাপ্ত প্রশিক্ষণের অভাব এবং মামলাগুলির সঠিক তদন্ত না হওয়া একটি সাধারণ সমস্যা।
5. মানবাধিকার লঙ্ঘন ও বিচারবহির্ভূত হত্যাকাণ্ড: বাংলাদেশে আইন প্রয়োগের সময় মানবাধিকার লঙ্ঘনের ঘটনা যেমন- বিচারবহির্ভূত হত্যাকাণ্ড, গুম, এবং বেআইনি আটক বেড়েছে। এসব ঘটনা আইনের শাসনের প্রতি জনগণের আস্থা হ্রাস করে এবং প্রশাসনের প্রতি নেতিবাচক প্রভাব ফেলে।
6. আইন সংস্কারের অভাব: সময়োপযোগী আইন সংস্কারের অভাবও একটি বড় বাধা। বহু পুরনো আইন রয়েছে যা বর্তমান প্রেক্ষাপটে কার্যকর নয় এবং অপরাধী বিচার ব্যবস্থার ফাঁকফোকরগুলো কাজে লাগিয়ে ন্যায়বিচার থেকে দূরে থাকে।

এই অন্তরায়গুলির সমাধান করতে হলে, স্বাধীন বিচার ব্যবস্থা নিশ্চিত করা, দুর্নীতি দমন, প্রশাসনিক দক্ষতা বৃদ্ধি এবং সময়োপযোগী আইন প্রণয়ন ও সংস্কার প্রয়োজন। এ ক্ষেত্রে জনগণের সচেতনতা বৃদ্ধি এবং সরকার, সুশীল সমাজ, ও গণমাধ্যমের সম্মিলিত প্রচেষ্টাও গুরুত্বপূর্ণ।